Первоначально  существовала, как детское отделение при Северо-западной поликлиники. Первоначальное название поликлиники — «Поликлиника № 2» Северо-западного района.

После разделения Первореченского района на Советский и Первореченский, поликлиника переименована в «Поликлинику № 2» Первореченского района. В 1971 году «Поликлиника № 2» переименована в «Поликлинику № 8» Первореченскогорайздравотдела г. Владивостока — Приказ ГЗО № 727 от 08.09.71г.

В 1973 году в детском отделении «Поликлиники № 8» открыт филиал № 1 по ул. Гамарника, 17.

В 1976 году отделение «Поликлиники № 8» переименовано в «Детскую поликлинику № 9» и является структурным подразделением «Поликлиники № 8».

В 1979 году открыт филиал № 2 по ул. Карбышева,  д. 42.

В 1982 году Приказом № 737 от 28.12.82г. присоединен филиал № 3 по ул. Корнилова, 9 — бывшее детское отделение поликлиники Водздравотдела.

13 июля 1983 года Детская поликлиника приобрела статус самостоятельной поликлиники, отсоединившись от «Поликлиники № 8», и переименовано в «Детскую поликлинику № 9» Первореченского района, Приказ № 389 от 13.07.83г. Первореченского исполкома.

В 1989 году «Детская поликлиника №9» переехала в другое помещение после капитального ремонта по адресу: переулок Камский, д. 1/3, 1915 г. постройки.

В 1997 году был присоединен филиал № 4 по ул. Днепровской, 45 (помещение бывшей молочной кухни № 1).

В 1995 году «Детскую поликлинику № 9» считать Муниципальным Учреждением Здравоохранения, Постановление № 580 от 30.05.95г. Главы Администрации г. Владивостока Приморского края. В 2002 году Муниципальное Учреждение Здравоохранения «Детская поликлиника № 9» переименована в Муниципальное Учреждение Здравоохранения «Детская поликлиника № 9 г. Владивостока», Приказ № 800 от 14.05.02г. УЗ г. Владивостока.

В августе 2011 г. изменение типа Муниципальное учреждение здравоохранения «Детская поликлиника № 9 г. Владивостока» в Муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения «Детская поликлиника № 9 г. Владивостока». (Постановление администрации г. Владивостока от 04.08.2011г. № 2176)

В декабре 2011 годаполиклиника приобрела краевой статус и получила название краевое государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Владивостокская детская поликлиника № 3» (Распоряжение Департамента имущественных отношений от 23.12.2011г. № 881-р).

Первый Главный врач самостоятельной «Детской поликлиники № 9» Кравцова Людмила Владимировна, проработавшая до января 1987 года.

Смирнова Надежда Ювенальевна — главный врач с января 1987 года по май 2007г.

Нагибко Светлана Николаевна – главный врач с мая 2007 г. по настоящее время.

В 2012 г. КГБУЗ «ВДП № 3» передана новая типовая детская поликлиника, расположенная по адресу: ул. Анны Щетининой, д. 38 в микрорайоне «Снеговая падь» имеет площади на 400 посещений в смену, оказывает медицинскую помощь детскому населению Первореченского и Советского районов в возрасте от 0 до 18 лет (районы БАМ, Столетия, 2-я Речка и Снеговая падь).

В сентябре 2015 года на основании Распоряжения Администрации Приморского края №397-ра от 13.11.2014г произошла реорганизация краевого государственного бюджетного учреждения здравоохранения «ВДП №3» в форме присоединения к нему краевого государственного бюджетного учреждения здравоохранения «ВДП №1»

Всего на сегодняшний день прикрепленного населения составляет 32792 детей.

Имеет 4 структурных подразделения: Гамарника, д. 17; Камский переулок, д.  1/3;  ул.Багратиона,д. 6; Проспект 100 лет Владивостоку, д. 143.

Данная поликлиника соответствует всем современным требованиям санитарно-эпидемиологического законодательства, позволяющая оказывать медицинскую помощь детскому населению на качественном уровне. Помещение поликлиники соответствуют современным международным стандартам, имеет просторные холлы и коридоры. Каждый специалист имеет отдельный кабинет в соответствии с Порядками оказания педиатрической помощи. Поликлиника оборудована современными программируемыми лифтами и вентиляционной системой с кондиционированием воздуха. В поликлинике имеется информационная система коммуникации (налажена компьютерная и телефонная сеть), рабочее место каждого врача и специалиста оборудовано компьютером и телефонной связью. Созданная система позволяет эффективно и оперативно решать производственные вопросы и самое главное качественно оказывать помощь маленьким пациентам.